原則の方法と便宜上の方法があります

フレックスタイム制とは、１ヵ月以内の一定の期間の総労働時間を労使協定で定めておき、労働者がその範囲内で各日の始業及び終業の時刻を選択して働くことにより、労働者がその生活と業務との調和を図りながら効率的に働くことを可能とし、労働時間を短縮しようとするものです。
労働契約上、労働者が清算期間内に労働すべき時間として定められた時間を「清算期間における総労働時間」といい、この時間は、清算期間を平均して１週間の労働時間が法定労働時間の範囲内となるよう定めることが必要です。
したがって、総労働時間は「週法定労働時間（40時間）×（清算期間中の歴日数÷７）」となります。
フレックスタイム制を採用した場合に時間外労働となるのは、「清算期間における法定労働時間の総枠を超えた時間であること。したがって、法第36条第１項の規定による協定についても、１日について延長することができる時間を協定する必要はなく、清算期間を通算して時間外労働をすることができる時間を協定すれば足りる」とされており、１ヵ月を清算期間としていればそれによります。
したがって、フレックスタイム制の場合、１ヵ月の起算日から、法定労働時間の総枠を超えて労働した時間を累積して計算します（以下「原則の方法」という）。
これに対し、時間外労働時間数を算定する方法として、便宜上、標準となる１日の労働時間と各日の労働時間との差を合計して算出する方法を採用した場合（以下「便宜上の方法」という）、原則の方法により計算する場合と比べ、１ヵ月60時間を超える時間外労働とされる日や時間帯が異なってくることから、平日と所定休日で時間外労働の割増賃金率が同一でない場合には、便宜上の方法により支払われる額が原則の方法により支払われる額を下回ることがあり得ます。しかしながら、便宜上の方法を採用する場合であっても、原則の方法により支払われる割増賃金を下回らないようにしなければなりません。