所要時間分の割増賃金を支払う

研修会当日の時間外労働は１時間か３時間かというご質問ですが、お尋ねの研修会に要した時間がいずれも法定の時間外労働時間に該当するものとして、以下お答えします。
結論を言いますと、研修会は自由参加などの形でなく、実質的に参加が強制されていたものである場合は、３時間に相当する割増賃金を支払わなければなりません。
時間外労働の割増賃金を義務づけた、労働基準法第37条違反とされることになります。もっとも、事業本部長から「強制参加は１時間とし、あとは任意参加とする」というような明確な指示でも出ていたのなら別です。この場合は、事業本部長のいうとおり、１時間を超えた任意参加の２時間について、割増賃金および所定賃金を支払う法律上の義務は生じないことになります。
参加するかどうかが完全に自由な研修は、使用者の指揮命令による労務提供ではなく、原則としてその研修時間は労働時間にはならないからです。