就業規則で短い時間を上限としても問題はありません

　時間外労働とは、労基法の定める１週40時間、１日８時間の法定労働時間を超える労働時間をいいます。この法定労働時間は、労働者保護の観点から最長労働時間の限度を定めたものですが、現実には、この時間を超えて労働させる必要がある場合もあるため、所定の手続きを取れば、この法定労働時間を超えて労働させることができます。

　三六協定は、この場合に必要となる手続きです。すなわち、使用者は事業場の労使協定を締結し、それを行政官庁に届け出た場合は、その有効期間中は協定の定めるところにより、１日８時間、１週40時間、週休制の基準を超える労働をさせても、それら労基法違反の責を問われないこととなります。

　その意味で、三六協定の締結・届出は、法違反を免責する効果を持ち、適法に時間外・休日労働を行い得る時間数（日数）の枠を設定する効果を有するといえます。

　他方、労働者のメンタルヘルス問題については、その原因の一つとされている長時間・過重労働を避けるための職場における労働時間管理が重要と解されています。また、平成22年４月の労基法改正による１ヵ月について60時間を超えて時間外労働をさせた場合の割増賃金率の引上げが、限度時間を超える時間外労働を抑制することを目的としているとされていることからすれば、ご質問のように会社が就業規則で、三六協定の定めよりも短い時間を時間外労働の上
限として規定することは、かかる法律の趣旨に沿うと思われます。

　また、三六協定の効果に鑑みても、かかる上限の設定をすることは可能と考えます。ただし、同規定を超える時間外労働があった場合に割増賃金の支払を免れるわけではありません。